C-QUARK也是一种从头结构预测工具。它之于QUARK的关系类似于C-I-TASSER之于I-TASSER的关系。首先，利用ResPRE和NeBcon预测多个contact map；其次借助QUARK实现副本交换蒙特卡洛折叠模拟；最后将模拟产生的多个构象作为“诱饵”喂给SPICKER（一种聚类算法，用于识别一众结构中最接近天然结构的构象）；得到的最终结构用ModRefiner、FASPR这两个工具优化。
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